Το ενδοδίκτυο (Intranet) του web site της Βιβλιοθήκης αναπτύχθηκε για να συμβάλει στη βελτίωση των διοικητικών/διαχειριστικών εργασιών της Βιβλιοθήκης. Αποτελείται από δύο ομάδες ιστοσελίδων περιορισμένης πρόσβασης, προστατευμένες με κωδικό πρόσβασης ή/και με αναγνώριση IP. Τα πληροφοριακά πακέτα και οι εφαρμογές που διατίθενται μέσω αυτών των ιστοσελίδων απευθύνονται στο Προσωπικό της Βιβλιοθήκης και στο Διδακτικό Προσωπικό του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.